受託データ解析

解析項目リスト

高速シーケンサデータの、目的に応じた解析の概要と主な納品物の一例は下記のようになります。
ここに記載されているものは一部の例となります。その他の解析にも柔軟に対応させて頂きますので、お気軽にご相談ください。

項目	概要	主な納品物
Re-sequencing	配列決定技術の革新により可能となった一歩先の配列情報研究
Gap filling / 基本解析	・未完成のコンティグ配列を新規大量配列で拡張・リードをアセンブル後、既存のドラフトコンティグにおける相対位置を探索・完成度の高い配列セットを生成	・コンティグデータ・ドラフト配列とコンティグの相対位置情報
Gap filling / 拡張解析	・既存の配列と新規配列によるScaffoldの構築・コンティグ編集・オプションでギャップフィリング用プライマ設計	・編集済みコンティグ配列・Scaffold構造、プライマ配列（オプション）
SNP / 多型基本解析	・リードのゲノム配列へのマッピング・アライメントの構成・変異位置と頻度の算出	・変異位置のリスト・アライメント・変異位置毎の頻度情報
SNP / 多型拡張解析	・マルチマップリード解析・非マップリード解析・遺伝子/SNPアノテーション・ハプロタイプ解析やケースコントロール解析などの統計解析	・多型基本解析の情報拡張・多型位置関係アノテーション・ハプロタイプ情報・統計解析結果
Digital expression	DNAチップにかわる遺伝子発現解析！！遺伝子の絶対発現頻度情報を提供
Digital expression / 発現頻度基本解析	・リードを塩基配列データにマッピング（遺伝子リファレンス配列、全配列DB）・マップ位置のアライメント構成と頻度計算・発現プロファイル情報生成	・遺伝子上のリードのマップ情報・遺伝子発現頻度情報・発現プロファイル情報
Digital expression / 発現頻度拡張解析	・マルチマップリード解析・非マップリード解析・遺伝子アノテーション（遺伝子基本情報／モチーフ／GO／オルソログ）・モデル生物を介した遺伝子アノテーション	・発現頻度基本解析の拡張情報・遺伝子アノテーション情報・モデル生物遺伝子アノテーション情報
Transcriptome	転写物の構造と翻訳産物の解析
Transcriptome / 転写物基本解析	・リードをゲノム＋CDS配列にマッピング・マップ位置のアライメント構成とエクソン単位の頻度計算	・ゲノム＋CDS上のリードのマップ情報・エクソン頻度情報
Transcriptome / 転写物拡張解析	・マルチマップリード解析・非マップリード解析・遺伝子アノテーション（遺伝子基本情報／モチーフ／GO／オルソログ）・転写物構造情報の生成・スプライシングバリアント解析	・転写物基本解析の情報拡張・転写物アノテーション情報・アイソフォーム頻度予測情報
de novo sequencing	次世代シーケンサーによるゲノム解読の高速化
de novo / 基本解析 A	・新規大量配列のみを用いたアセンブル・オプションでアノテーション	・ドラフトコンティグデータ・各種アノテーション（オプション）
de novo / 基本解析 B	・複数種類のシーケンサー由来のリードを用いたアセンブル・キャピラリーシーケンサーから次世代シーケンサーまで、様々な種類のシーケンサーの組み合わせに対応	・ドラフトコンティグデータ・各種アノテーション（オプション）
de novo / 拡張解析	・新規配列より、コンティグ作成、Scaffold構築・オプションでゲノムアノテーション・オプションでフィニッシング支援（プライマ設計など）	・塩基配列データ・各種アノテーション（オプション）・プライマ配列（オプション）
Gene Regulation	今、最も注目されている遺伝子制御手段
ChIP-Seq / 免疫沈降配列解析	・転写因子結合部位配列のゲノムへのマッピング、頻度解析・多型拡張解析、発現頻度拡張解析、オプションでアノテーション	・リードのマップ情報・頻度情報・アノテーション（オプション）
Non Coding RNA解析	・ncRNAのゲノムへのマッピング、頻度解析・オプションでアノーテション	・リードのマップ情報・頻度情報・アノテーション（オプション）
Epi-genetics	次世代シーケンサーによるエピジェネティクス解析
メチレーション解析	・リードのゲノムへのマッピング、methylation/notの頻度解析・ターゲット間頻度解析・オプションでアノテーションを追加 ※検出系としてbisulfite法をサポート	・リードのマップ情報・頻度情報・アノテーション（オプション）