Sequence Workbench

主要機能

主要機能
解析ツールの実行	ウェブブラウザ上から解析対象データの選択、解析ツールの選択、解析の実行が可能です。
解析フロー管理	複数の解析ツールを横断的に利用した解析フローを保存することができるので、いくつものコマンドを入力する必要がありません。
データインポート・管理機能	主要シーケンサーの出力データフォーマットに対応しています。（現時点ではIllumina GAII、IIx） fastqファイルなどの個々のファイルもインポート可能です。
データダウンロード機能	解析ツールの出力結果をウェブインタフェースからダウンロード可能です。汎用形式（GFF、SAM等）への変換機能により、ゲノムブラウザなどで結果を閲覧することができます。
Genome Box連携	Genome Box出力データのインポート、Genome Box用のデータエクスポートが可能です。

対応解析ツール
マッピング	ELAND、MAQ、BWA、bowtie、SOAP2、blast
de novoアセンブル	Velvet、ABySS、MIRA3、Fuzzypath、SOAPdenovo
多型探索	Samtools
可視化	gbrowse、UCSC Genome Browser
SNP連鎖／統計解析	SNPAlyze（株式会社DYNACOM製）
Structural Variant探索	Pindel、BreakDancer

※各種解析プログラムは本システムには含まれません。
※カスタマイズにより、上記以外のツールにも対応致します。